Première année

En première année, l'essentiel de la formation correspond à la troisième année de licence Sciences, Technologie, Santé, mention Mathématiques. Au sein de cette formation, les magistériens suivent le parcours vers la recherche ou l'agrégation auquel s'ajoute :

Les étudiants qui le souhaitent peuvent également suivre un double cursus mathématiques-informatique ou mathématiques-physique qui correspond à faire en plus du cursus de Magistère la troisième année de licence STS, mention Informatique ou la troisième année de licence STS, mention Physique lors des deux premières années du Magistère. Les étudiants ont aussi la possibilité de suivre un cursus accéléré en mathématiques avec pour objectif l'obtention des trois diplômes de L3, M1 et M2 de mathématiques lors des deux premières années du Magistère.

Durant la première année, les enseignements se partagent entre le campus de Beaulieu et le campus de Ker Lann. Traditionnellement les enseignements du lundi au mercredi se déroulent à Ker Lann et ceux des autres jours à Beaulieu. Le groupe Magistère bénéficie de travaux dirigés spécifiques. C'est le cas également de tous les cours magistraux donnés à l'École normale supérieure de Rennes.

Deuxième année

En deuxième année, l'essentiel de la formation correspond au Master 1 Sciences, Technologie, Santé, mention Mathématiques. Au sein de cette formation, les magistériens suivent le parcours Mathématiques fondamentales (Recherche/Agrégation) auquel s'ajoute :

Les étudiants qui ont choisi les doubles cursus mathématiques-informatique, mathématiques-physique ou le cursus accéléré de mathématiques poursuivent ces formations. Les autres étudiants ont aussi la possibilité de suivre en avance un ou deux modules de la deuxième année du Master.

Durant la deuxième année de Magistère, les enseignements ont lieu sur le campus de Beaulieu, à l'exception de la journée du mardi lors de laquelle les enseignements sont donnés à Ker Lann.

Année de césure dans le parcours Magistère

La quasi totalité des étudiants du Magistère font une année de césure dans leurs parcours entre la 2ème et 3ème année de Magistère pour préparer le concours externe de l'Agrégation de Mathématiques, préparation assurée conjointement par l'UFR Mathématiques de l'Université de Rennes 1 et le Département de Mathématiques de l'École normale supérieure de Rennes.

Troisième année

La spécialisation des étudiants se fait lors de la troisième année du Magistère qui correspond à un Master 2 scientifique de mathématiques fondamentales, de mathématiques appliquées, d'informatique ou de physique théorique. Pour valider la troisième année du Magistère, les étudiants doivent obtenir un Master 2 scientifique, valider un module de langue de niveau M2 (anglais en général), effectuer un stage de fin d'étude d'au moins 2 mois et le présenter au jury du Magistère. Le Master 2 scientifique généralement suivi est le Master 2, mention Mathématiques et Applications de l'Université de Rennes 1, mais ceci n'a pas un caractère obligatoire. En effet, alors que les deux premières années du Magistère se déroulent à Rennes à l'exception des stages de fin d'année, la troisième année peut se dérouler dans une autre université. Cette possibilité est laissée aux étudiants pour qu'ils puissent suivre le Master 2 scientifique le plus adapté à la spécialisation choisie. Pour faciliter l'obtention de bourses doctorales, il est également souvent recommandé aux étudiants de faire le Master 2 dans l'université où ils souhaitent ensuite préparer leurs thèses de doctorat. L'étudiant qui souhaite poursuivre le Magistère tout en effectuant un Master dans un autre établissement doit s'inscrire à Rennes et suivre les recommandations du responsable de la formation. En particulier, le responsable peut demander un complément de formation en mathématiques.